Um erro que tem acontecido com usuários do Skype é o envio/recebimento de mensagens duplicadas, abaixo eu explico uma das maneiras de solucionar o problema.
Feche o Skype e tenha certeza que qualquer processo relativo ao mesmo tenha sido finalizado.
No Windows 7 clique no botão iniciar e procure por: %appdata%
Pode ser que apareça a pasta Roaming no resultado da pesquisa, entre nela e apague a pasta do Skype, entre no Skype novamente e teste.
No Windows XP ao invés de procurar, execute: %appdata% e apague a pasta do Skype.
Pode ser necessário desinstalar o Skype antes de realizar esse procedimento, caso faça isso, realize uma limpeza do sistema com o Ccleaner.