Hoje em dia os pen drives são os mais disseminadores de vírus, como os disquetes antigamente, mas não se desespere, pois tomando alguns cuidados você poderá evitar dores de cabeça futuras.
O maior problema do pen drive é que ao plugar ele no computador, o seu conteúdo é executado automaticamente (autorun), assim se tive rum vírus, e é bem possível que terá, o vírus irá agir sobre sua máquina. O ideal é desativar o autorun do seu computador e também do pen drive, essa tarefa é bem fácil, contudo com o uso de um programa simples é possível deixar essa tarefa automatizada, para isso eu recomendo o Panda USB and AutoRun Vaccine. Com ele é possível automaticamente vacinar os pen drives inseridos no computador e desabilitar o autorun.
Essa medida não deixará seu computador 100% livre de vírus, contudo já irá diminuir em muito a possibilidade de contaminação.